La Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas (FaCEA) de la UNI, fue creada y habilitada por el Consejo de Universidades, el 18 de diciembre del año 1997, según Acta Nº 41. Se encargaron de la elaboración del Proyecto de Creación de la Facultad, la Prof. Dra. Dina Matiauda de Lugo y la Prof. M.Sc. Ana Cornet Santacruz, con el acompañamiento del Prof. Ing. Hildegardo González Irala y el Prof. Dr. René Arrúa Torreani, además de la Dra. Susana Lugo Rolón, quien se encargó del Proyecto Económico Financiero y la Dra. Edith Paez de Moreno quien estuvo a cargo del Proyecto de Infraestructura.
Durante los años 1998 y 1999 se desarrollaron las actividades en un local céntrico, ubicado en la calle 14 de mayo entre la calle Mcal. Estigarribia y Juan León Mallorquín de la Ciudad de Encarnación. Dicho local fue acondicionado de manera que se pudo contar con la infraestructura necesaria para las primeras actividades.
La FaCEA-UNI nace con la Carrera de Ingeniería Comercial, la cual se inicia en el mes de marzo de 1998 con el Curso Probatorio de Admisión (C.P.A). Para el mismo se inscribieron 235 alumnos, lo cual hizo necesaria la habilitación de dos secciones; una a la tarde y otra a la noche.
Las actividades de la FaCEA se iniciaron con el siguiente plantel: el Dr. René Arrúa Torreani como Director Académico; la M.Sc. Ana Cornet Santacruz como Asesora Académica; la Dra. Nilse Ferreira Altamirano como Secretaria Académica; la Mg. Mabel Acosta a cargo de la Secretaría Administrativa y como Auxiliares el Abog. Mario Ramírez y la Prof. Asunción Ortíz de Fleitas.
En el Primer Curso Probatorio de Admisión, correspondiente al año 1998, se desempeñaron como docentes: Dra. Yilda Agüero de Talavera, Dra. Elena Szostak, Dra. Lucila Bogado de Scheid, Abog. Lorenzo Zacarías y el Lic. Milciades Lugo Benítez. En el primer Semestre de la Carrera de Ingeniería Comercial fueron docentes: Lic. Marciano Leiva, Mge. Robert Ferreira, M.Sc. Néstor Garay, Lic. Victoria Samolukiewich, Lic. Isabel Netto de Benítez, Abog. Lilio Sotelo y Lic. Patricia Peralta, siendo el Primer Decano de la Facultad, el Lic. Milciades Lugo Benítez. En el mes de agosto del mismo año se realizó el primer examen de ingreso, con la participación de más de 200 estudiantes, ingresando al primer curso un total de 80 alumnos.
En el mes de marzo del año 2000, la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas de la UNI se traslada hasta el Campus Universitario del Barrio Ca’aguy Rory, local propio de la Universidad Nacional de Itapúa, a fin de ocupar un pabellón completo en el lugar, donde inicialmente se habilitaron tres aulas para el desarrollo de las clases, una oficina para el Departamento Académico, la Biblioteca y el Laboratorio de Informática. A partir del mes de agosto de 2001, las oficinas del Decanato, la Secretaría General y el Departamento Administrativo son trasladadas del local céntrico a las oficinas habilitadas en el local del Campus Universitario.
En el año 2003 asume como nuevo Decano de la FaCEA el Dr. René Arrúa Torreani, como Vice Decano, el Dr. Enrique René Velázquez y como Secretaria General la Dra. Nilse Ferreira Altamirano.
Mediante la implementación del proyecto de expansión de la UNI se han habilitado Sedes de la FaCEA en las localidades de Natalio, María Auxiliadora y Coronel Bogado, contando todas ellas con un importante número de estudiantes, además de un excelente plantel docente.
Actualmente, la FaCEA cuenta con tres Carreras. La Carrera de Ingeniería Comercial de la cual ya egresaron mas de 150 Ingenieros Comerciales. Desde el año 2004 se habilitaron dos Carreras más, la Licenciatura en Ciencias Contables hoy denominada Licenciatura en Contaduría Pública y la Licenciatura en Administración, que funcionan en el turno tarde y noche en Casa Matriz Encarnación y en el turno noche en las Sedes: María Auxiliadora, Natalio y Coronel Bogado.
La Sede en María Auxiliadora fue habilitada según Resolución del C.S.U. Nº 027/2004, en el Barrio Caacupé del Distrito Tomás Romero Pereira, sito en la calle Boquerón esquina 8 de Diciembre. El teléfono habilitado es el 0764-20081. La misma cuenta con las Carreras Licenciatura en Administración y Licenciatura en Contaduría Pública.
En la localidad de Natalio la Sede fue habilitada según Resolución del C.S.U. Nº 033/2004 en la Ciudad de Virgen de Fátima, ubicada en la Calle Tavarapé y Enrique Hamrf. El teléfono habilitado es el 021-33966913. Actualmente cuenta con las carreras de Licenciatura en Administración y Licenciatura en Contaduría Pública.
Y, según Resolución C.D FACEA/UNI Nº 090/2005 fue habilitada la Sede en Coronel Bogado, sito en el Barrio Santa, calle Progreso y 22 de Setiembre. La línea telefónica habilitada es 021-3396480. La misma también cuenta con las Carreras de Licenciatura en Administración y Licenciatura en Contaduría Pública.
En el año 2022 se inician los trabajos para el desarrollo de proyectos de grado y postgrado en educación a distancia, en el año 2023 por resolución del Consejo Nacional de Educación Superior (CONES) se habilita la carrera de Licenciatura en Administración Educación a Distancia:
En forma regular se realizan talleres, seminarios, conferencias y cursos de posgrados entre los que se destacan:
Publicaciones: FaCEA News es la revista informativa de la Facultad, la cual fue editada en formato impreso por varias ediciones. En el ejercicio 2024 se edita la versión digital de la revista. También se ofrece desde el 2023 la primera revista científica en el área de la ciencias económicas, a ese fin se presenta el proyecto de la revista ReD Desarrollo Regional (Encarnación), de acuerdo al cronograma de implementación en el ejercicio 2023 se ponen a disposición de la comunidad educativa e interesados en general las dos primeras ediciones en formato digital.
